چند روز پس از قهرمانی پرسپولیس در جام حذفی فصل ۸۹ -۹۰ کریم باقری که در آن مقطع یکی از بازیکنان این تیم محسوب می‌شد و البته شایعاتی هم پیرامون بروز اختلاف میان او و علی دایی سرمربی وقت قرمزپوشان بر سر زبان‌ها افتاده بود، طی مصاحبه‌ای که ۲۲ خرداد ۱۳۹۰ منتشر شد به همه این موارد جواب داد.
باقری در آن مقطع برای مدتی حتی سر تمرین پرسپولیس هم نمی‌آمد اما ناگهان در بازی فینال به انزلی رفت و کاپ قهرمانی را بالای سربرد! آقا کریم در این رابطه به خبرورزشی گفت: داستان من و علی دایی فوتبالی بود وفوتبال هم بالاخره یک روز تمام می‌شود. من با هیچ‌کس مشکلی ندارم چون کسی من را کنار نگذاشت بلکه خودم تصمیم گرفتم فوتبال بازی نکنم. یک روز علی به من زنگ زد و گفت من و بچه‌ها دوست داریم برای بازی برگشت به انزلی بیایی تا اگر قهرمان شدیم جام را بالای سر ببری. باورکنید کوچک‌ترین دلگیری از علی دایی ندارم اصلا مگر این دنیا چیست که بخواهم چیزی را در دل خودم نگه دارم.
کریم باقری در ادامه این مصاحبه به نکته بسیار جالب و مهمی اشاره کرد و گفت: من از قبل می‌دانستم رابطه علی دایی و حبیب کاشانی (مدیرعامل وقت باشگاه پرسپولیس) خوب نیست و آن‌ها با یکدیگر قهر هستند. عده‌ای از من خواستند تا آن‌ها را آشتی بدهم به همین خاطر از علی دایی پرسیدم که تمایلی به وقوع این اتفاق دارد تا در صورت دریافت چراغ سبز، وارد عمل شوم اما ایشان تمایلی نداشت.
